Exécution de script

Pour exécuter un script R sous linux :
R -q --vanilla < myFile.R

Pour exécuter un script R en donnant des arguments (sous linux) :
R --vanilla --args myArg1 myArg2 ... < myFile.R
Les arguments peuvent alors être récupérés dans le programme par l'appel à la fonction commandArgs().

Pour faire un script R (sous linux) comme un script shell ou perl par exemple :

• Mettre en tête de fichier : #!/usr/bin/env Rscript (ou simplement #!/usr/bin/Rscript si Rscript est installé dans /usr/bin).
• Rendre le fichier exécutable (chmod +x).
• passer des arguments au script : ./myScript.R arg1 arg2 ...
• Récupérer les arguments avec : args <- commandArgs(TRUE)
• Attention : les arguments récupérés sont de type character. Si on veut passer des valeurs numériques, il faudra les convertir : as.numeric(args[3]).

On peut aussi faire Rscript myScript.R arg1 arg2 ... sans avoir besoin de mettre l'en-tête ("schebang") dans myScript.R, ni avoir besoin de le rendre exécutable.

On peut exécuter du code R directement en ligne de commande par : R -e 'my code'

Pour exécuter un script R dans un autre script : source("myScript.R") : exécute myScript.R à l'endroit ou le source est appelé.

Gestion de la mémoire :

• On peut appeler le garbage collector (système qui collecte la place mémoire non utilisée et la rend au système) avec gc
• gcinfo(TRUE) : indique un message quand le garbage collector est appelé (défaut est FALSE), avec la mémoire utilisée.